Age : 15 ans
Grade : chunin
taille : 1,61
poids : 44,7 kg
Lorsque Naruto revient à Konoha, la Sakura qu'il retrouve a changée (Lui évidemment ne s'en aperçoit pas). Elle est maintenant une ninja médicale de qualité, et possède une force physique proche de celle de Tsunade, qui est devenue son sensei. Cette force provient en fait d'une manipulation précise du chakra qui consiste à le répartir en un point précis du corps (exemple le poing) et à le relâcher d'un coup.
La première fois qu'on voit Sakura en faire usage est lors de l'épreuve des clochettes de Kakashi, qu'il impose une nouvelle fois à ses anciens élèves. Celui-ci disparait, sûrement pour infliger à Sakura la technique Doton qu'il avait infligé trois ans plus tôt à Sasuke, seulement Sakura a gagné en expérience : déduisant que son sensei est sous terre, elle frappe le sol, qui explose découvrant un Kakashi quelque peu sous le choc. C'est également à ce moment que Naruto prend conscience de la force de Sakura (et du danger qu'il court lorsqu'il la taquine...).
Après l'enlèvement de Gaara par l'Akatsuki, elle fait partie de la première équipe chargée de prêter main forte au village caché de Suna, avec Kakashi et Naruto. Arrivée sur place, elle arrive à extraire le poison laissé par Sasori dans le corps du grand frère de Gaara, Kankurô. Faisant preuve d'une grande connaissance dans les jutsus médicaux. Elle parvient même à fabriquer un antidote contre le poison du marionnettiste de l'Akatsuki. Lorsque le trio de Konoha, accompagné de Chiyo part à la recherche de Gaara, c'est elle, aidée de Chiyo qui libère Naruto du genjutsu d'Itachi venu les retarder. Elle affronte avec Chiyo le marionnettiste de l'Akatsuki, Akasuna no Sasori, pendant que Naruto et Kakashi affrontent Deidara. Lors de ce combat, Sakura parvient à briser, en un coup, la marionnette à l'intérieur de laquelle se cache Sasori. Ce passage de l'œuvre marque définitivement un tournant pour le personnage de Sakura, puisque celle-ci prend désormais une part active aux combats. Empoisonnée par Sasori, elle sera sauvée par un Kin Jutsu de Chiyo .
De retour au village de Konoha avec Naruto et Kakashi, Sakura révèle au 5e Hokage, Tsunade, ce que lui a dit Sasori : qu'il a un espion auprès d'Orochimaru et qu'il a rendez-vous avec lui cinq jours plus tard.
Tsunade décide alors de former une nouvelle équipe qui partirait à la rencontre de cet espion, Kakashi ne pouvant venir à cause de blessures. Sakura et Naruto font évidemment partie de cette nouvelle équipe et Tsunade décide de mettre Yamato à la tête de cette équipe. Le quatrième membre de cette équipe est Sai, jeune homme qui n'a aucune histoire et aucun sentiment, qui ignore les liens qui peuvent unir une équipe. Évidemment, il y a des tensions entre lui et Naruto.
La nouvelle équipe se met alors en route vers le point de rendez-vous et des conflits de plus en plus virulents ce font entre Sai et Naruto. Heureusement, Yamato arrive à canaliser ses membres. Mais Sakura perd tout de même son sang froid quand Sai insulte Naruto, et le frappe au visage.
Finalement arrivés au lieu de rendez-vous, Yamato se métamorphose en Sasori (Henge no Jutsu) et retrouve l'espion qui se trouve être le bras droit d'Orochimaru : Kabuto. En fait, Kabuto n'avait pas trahi son maître, car celui-ci était également au lieu de rendez-vous. Un combat commence alors entre le ninja légendaire et Naruto. Celui-ci perd le contrôle de soi au profit de son démon intérieur Kyûbi et quatre queues apparaissent. À ce stade, il n'a plus rien d'humain et va jusqu'à blesser Sakura au bras. Sakura fait de son mieux pour soigner Naruto des blessures graves qu'il a subi après sa transformation en Kyubi. Yamato,en voyant Sakura qui se lamente du fait que ce qu'elle peut faire pour Naruto est toujours minime et insignifiant fait une remarque à Sakura qui dévoile alors plus de détails sur les véritables sentiments qu'elle éprouve pour Naruto. Finalement, Orochimaru s'enfuit, en compagnie de Kabuto et de Sai, jusqu'à son repaire. Le clone de Yamato les suit de loin. Sakura, Naruto et le vrai Yamato se lancent à leur poursuite.
Arrivés au repaire, ils retrouvent d'abord Sai, qu'ils pensent être un traitre mais qui se révèle être un espion travaillant à la solde de Konoha. Sai avoue alors avoir vu Sasuke. Sakura et Naruto partent immédiatement à sa recherche mais c'est Sai qui le retrouve en premier et tente de le capturer pour le ramener auprès de Sakura et Naruto. Mais Sasuke, qui vient d'être tiré de son sommeil, fait littéralement exploser la pièce dans laquelle il se trouve. Sakura est alors la première à revoir Sasuke qui a bien changé... Commence alors un combat clairement au désavantage de l'équipe Yamato, combat interrompu par Orochimaru et Kabuto, qui souhaite que les ninjas de Konoha restent en vie, étant également ennemis de l'Akatsuki.
